生态环境局作为区政府工作部门，实行以市生态环境局为主的双重管理体制。区生态环境局整合了区环保局的职责，以及区发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，区农业委员会的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护、监督指导农业面源污染治理职责，区国土资源管理分局的监督防止地下水污染职责等。 

2019年1月28日，重庆市沙坪坝区生态环境局正式挂牌。